Τα υλικά και η ενέργεια κυκλοφορούν από τους παραγωγούς (φυτικοί οργανισμοί), που συγκροτούν το πρώτο επίπεδο της ιεραρχημένης δομής, προς τους καταναλωτές πρώτης τάξης, δηλαδή τα φυτοφάγα ζώα και από εκεί προς τους καταναλωτές δεύτερης και ανώτερης τάξης (σαρκοφάγα ζώα). Στους νεκρούς οργανισμούς και στα απονεκρωμένα τμήματα των οργανισμών επεμβαίνουν μικροοργανισμοί (αποικοδομητές) οι οποίοι ανοργανοποιούν, μέσω αποσύνθεσης, το παραπάνω οργανικό υλικό (εικ.17).

Παραγωγοί: Σε μια λίμνη υπάρχουν συνήθως δύο βασικοί τύποι παραγωγών:
i) τα μεγάλα φυτά που είτε επιπλέουν είτε έχουν ριζικό σύστημα, όπως, για παράδειγμα, τα αγριόχορτα της λίμνης, ή οι κρίνοι του νερού. Απαντώνται συνήθως στα ρηχά νερά.
ii) τα μικροσκοπικά επιπλέοντα φυτά. Είναι συνήθως μικροφύκη και ονομάζονται φυτοπλαγκτόν. Απλώνονται στα νερά της λίμνης, εκεί όπου υπάρχει αρκετή ηλιακή ενέργεια για φωτοσύνθεση. Τα μικροσκοπικά αυτά φυτά δεν είναι ορατά με γυμνό μάτι, όταν όμως βρίσκονται σε αφθονία προσδίδουν στο νερό ένα πρασινωπό χρώμα. Για τις περισσότερες λίμνες το φυτοπλαγκτόν παίζει πολύ σημαντικό ρόλο στην παραγωγή της βασικής τροφής από ότι τα μεγάλα φυτά.
Καταναλωτές: Σε ένα λιμναίο οικοσύστημα είναι δυνατόν να υπάρχουν πολλοί τύποι ζώων. Τα φυτοφάγα, για παράδειγμα, μπορεί να περιλαμβάνουν από το μικροσκοπικό ζωοπλαγκτόν που τρέφεται με το φυτοπλαγκτόν, μέχρι μεγάλα φυτοφάγα ψάρια που τρέφονται με αγριόχορτα της λίμνης. Παρόμοια στα σαρκοφάγα εντάσσεται μια μεγάλη ποικιλία ζώων όπως τα σαρκοφάγα έντομα κ.ά.. Τα σαρκοφάγα μπορεί να τρέφονται είτε με τα φυτοφάγα ζώα είτε με άλλα σαρκοφάγα. Τα σαπροφάγα, όπως τα υδρόβια σκουλήκια, κατοικούν συνήθως στο βυθό της λίμνης και συντηρούνται με τη νεκρή οργανική μάζα, που κατακρημνίζεται μέσα στο νερό.

Αποικοδομητές: Τα υδρόβια βακτήρια και οι μύκητες, μικροοργανισμοί που διασπούν οργανικές ενώσεις (σάκχαρα, λίπη, πρωτεΐνες κ.ά.), απαντώνται σε όλη τη μάζα του νερού αλλά είναι ιδιαίτερα παραγωγικοί στη διεπιφάνεια που σχηματίζεται από τη λάσπη του βυθού και το νερό και που αποτελεί την περιοχή όπου συσσωρεύεται η νεκρή ύλη των φυτών και των ζώων. Στις λίμνες η νεκρή οργανική ύλη αποικοδομείται σχετικά γρήγορα και τα θρεπτικά στοιχεία που βρίσκονται σ' αυτήν απελευθερώνονται για να ξαναχρησιμοποιηθούν στη συνέχεια από τα φυτά. Ό,τι δεν καταφέρνουν να διασπάσουν οι αποικοδομητές καταλήγει στο έδαφος σχηματίζοντας σταδιακά ένα μαλακό στρώμα οργανικής ύλης, το χούμο.