Κάθε οικοσύστημα, με διάφορους μηχανισμούς ελέγχου που διαθέτει, μπορεί να ξεπεράσει ικανοποιητικά κάποιες απότομες μεταβολές οι οποίες προκαλούνται από ενδογενείς ή εξωγενείς παράγοντες, εφόσον οι μεταβολές αυτές δεν ξεπερνούν τα όρια "ευστάθειας" του οικοσυστήματος. Με τον όρο ευστάθεια εννοούμε την ικανότητα του συστήματος να επαναφέρει σε κατάσταση ισορροπίας τη δομή και τη λειτουργία του σε σχέση με τις περιβαλλοντικές παραμέτρους.

Η διαταραχή μπορεί να θεωρηθεί ως "φυσικό γεγονός" κι αποτελεί αναπόσπαστο στοιχείο στην εξελικτική δυναμική που χαρακτηρίζει τα οικοσυστήματα, όταν η έκταση, η συχνότητα και η ένταση με τις οποίες εκδηλώνεται δεν ξεπερνά τα όρια της ευστάθειας του οικοσυστήματος.

Ένας συνδυασμός όμως αυξημένης έντασης και συχνότητας διαταραχής και το κυριότερο, ένας συνδυασμός διαταραχών, οδηγεί σε υποβάθμιση του οικοσυστήματος.

Για το δάσος, αιτία διαταραχών μπορεί να είναι η ξηρασία, οι ισχυροί άνεμοι, οι χιονοπτώσεις, τα παθογόνα έντομα και οι μικροοργανισμοί, η φωτιά, η βόσκηση, η ρύπανση και η κακή διαχείρισή του από τον άνθρωπο. Οι διαταραχές αυτές μπορεί να καταταγούν σε βιοτικές ή αβιοτικές, ενδογενείς ή εξωγενείς. Οι εξωγενείς προκαλούνται κυρίως από τον άνθρωπο και οδηγούν στην υποβάθμιση του οικοσυστήματος του δάσους.

Στην κατηγορία αυτή συγκαταλέγονται παθογόνοι μικροοργανισμοί και έντομα. Οι οργανισμοί αυτοί μπορούν να προκαλέσουν σοβαρές βλάβες στα δέντρα, όταν επικρατούν δυσμενείς συνθήκες ή όταν αλλοιωθεί η δομή του οικοσυστήματος με την προσθήκη ξενικών ειδών ή ακόμη χειρότερα με τη δημιουργία τεχνητών αμιγών δασών.

Τα δάση της κεντρικής και βόρειας Ευρώπης, όπου το κλίμα είναι υγρότερο, προσβάλλονται από περισσότερες φυτοπαθολογικές ασθένειες συγκριτικά μ' αυτά της χώρας μας. Είναι βέβαιο ότι οι επιδημίες που προκαλούνται από μικροοργανισμούς εξαπλώνονται πολύ πιο γρήγορα από αυτές των εντόμων και είναι πολύ δύσκολη η καταπολέμησή τους.

Ορισμένα ζώα, όπως τα αιγοπρόβατα και τα βοοειδή τα οποία ο άνθρωπος εκτρέφει, αποτελούν τον υπ' αριθμό ένα κίνδυνο για τα ελληνικά φυσικά οικοσυστήματα.

Τα ζώα αυτά βόσκουν στο δάσος και προκαλούν ζημιές στη υψηλή, βλάστηση, καταστρέφουν τη φυσική αναγέννηση, ποδοπατούν το έδαφος και υποβαθμίζουν τις φυσικές του ιδιότητες. Αποτέλεσμα όλων αυτών είναι η μείωση της διαπερατότητας και της κάλυψης του εδάφους, με αποτέλεσμα την αύξηση της απορροής των νερών και την πρόκληση διάβρωσης. Τη μεγαλύτερη ζημιά προξενεί η βόσκηση των γιδιών χωρίς αυτό να σημαίνει ότι και άλλα φυτοφάγα δεν προξενούν ζημιές. Όταν μετά τη βόσκηση ακολουθήσει φωτιά, τότε το σύστημα οδηγείται σε κατάρρευση, γιατί είναι αδύνατη η αναγέννηση του.

Ο άνθρωπος πολλές φορές είτε με την κακή διαχείριση των δασών είτε από απροσεξία ή άγνοια επιφέρει την καταστροφή των δασικών οικοσυστημάτων.

Σαν κακή διαχείριση θα μπορούσαμε να αναφέρουμε τη ληστρική υλοτομία, την απόρριψη σκουπιδιών, τις κακές κατασκευές έργων υποδομής, το διαμελισμό των δασικών εκτάσεων κ.ά.Μια από τις χειρότερες ανθρωπογενείς επιδράσεις στα δασικά οικοσυστήματα είναι η πρόκληση πυρκαγιάς. Τεράστιες δασικές εκτάσεις έχουν χαθεί εξαιτίας της. Τα τελευταία δέκα χρόνια οι πυρκαγιές των δασών στον τόπο μας έχουν εξελιχτεί σε πραγματική μάστιγα. Παρατηρήθηκαν πυρκαγιές όχι μόνο στη ζώνη της μεσογειακής βλάστησης, αλλά και στις ζώνες των ορεινών κωνοφόρων δασών σε δάση μαύρης και λευκόδερμης πεύκης (Πίνδος) όπως και στη ζώνη της οξιάς.

Οι πυρκαγιές βέβαια δεν θεωρούνται πάντα καταστροφικές. Καταστροφικές είναι οι επικόρυφες πυρκαγιές, γιατί καταστρέφουν όχι μόνο τα δέντρα αλλά και τους σπόρους τους με αποτέλεσμα η αναγέννηση του δάσους να είναι σχεδόν αδύνατη. Λιγότερο επικίνδυνη είναι η έρπουσα πυρκαγιά, η οποία όμως μετατρέπεται σε καταστροφική, όταν σε μικρό χρονικό διάστημα ακολουθήσει κι άλλη.

Πολλοί επιστήμονες συμφωνούν σήμερα ότι τα φυτά εξαιτίας της επανειλημμένης δράσης της φωτιάς έχουν αναπτύξει τέτοιους μηχανισμούς προσαρμογής, ώστε να επιβιώνουν και το σύστημα να αναγεννάται. Βεβαίως αυτά ισχύουν μόνο για τα είδη της μεσογειακής βλάστησης και όχι για τα είδη άλλων ζωνών.

Το πουρνάρι, ο σχίνος, η κουμαριά, η αγριελιά κ.ά. σχηματίζουν νέους βλαστούς και φύλλα στη βάση του καμένου κορμού τους. Τα περισσότερα είδη των φρυγάνων και τα πεύκα μπορούν να αναγεννηθούν με το φύτρωμα των σπερμάτων τους, τα οποία είτε προστατεύθηκαν από τη φωτιά εξαιτίας του σκληρού τους περιβλήματος είτε έμειναν στους κώνους, οι οποίοι άνοιξαν όταν θερμάνθηκαν στους 70 -80 βαθμούς Κελσίου.

Παρόλα αυτά είναι αποδεδειγμένο ότι ο συνδυασμός φωτιά - βόσκηση - φωτιά οδηγεί σε κατάρρευση του συστήματος και διάβρωση των εδαφών. Ιδιαίτερα αν ο κύκλος επανάληψης είναι μικρός (1-10 χρόνια).

Ένας άλλος παράγοντας που επηρεάζει σημαντικά την ευστάθεια του οικοσυστήματος είναι η ατμοσφαιρική ρύπανση. Η όξινη βροχή, αποτέλεσμα της ατμοσφαιρικής ρύπανσης, βλάπτει τα κύτταρα των φύλλων, παρεμποδίζει τη φωτοσύνθεση και μειώνει την αντίσταση των δέντρων στα έντομα και τους ιούς. Επηρεάζει το έδαφος αρνητικά, γιατί δημιουργεί όξινο περιβάλλον με αποτέλεσμα να επιβραδύνεται η αποικοδόμηση των οργανικών υλικών.

Τα ελληνικά δάση προσβάλλονται από την όξινη βροχή λιγότερο από τα δάση της κεντρικής Ευρώπης. Αυτό οφείλεται στο γεγονός ότι και οι αέριοι ρύποι στην πατρίδα μας είναι λιγότεροι, αλλά κυρίως στο γεγονός ότι τα ασβεστολιθικά εδάφη που κυριαρχούν στη χώρα μας εξουδετερώνουν την όξινη βροχή.